MRC WIMM membuat perangkat dan disediakan gratis bagi publik jika ingin meninjau atau mempelajari DNA manusia. Apa itu MRC WIMM karena seharusnya memiliki nama yang terlalu panjang?
MRC Weatherall Institute of Molecular Medicine adalah suatu research center bagi hal medis yang berada di University of Oxford didirikan pada tahun 1989 oleh Sir David Weatherall.
Organisasi ini dibentuk bertujuan untuk mempelajari segi molekul dan sel dari bagian tubuh biologis dengan tujuan untuk membuat sisi kesehatan manusia lebih baik.
Organisasi ini baru saja membuat terobosan baru dimana menelusuri DNA manusia secara 3D sangat mungkin dan perangkat tersebut bisa dipakai anda atau siapapun.
DNA manusia sangat rumit selain berjumlah banyak juga karena DNA ini berlipat-lipat dan tersusun rapat sehingga rumit untuk ditelusuri secara 3D, perangkat eksplorasi 3D ini tentu akan sangat membantu kita.
Sebagai contoh 1 kromosom (dari 23 pasang yang dimiliki setiap manusia secara umum) akan terdisi dari bagian yang sangat banyak dan rumit.
1 kromosom akan terdiri dari rantai panjang yang terdiri dari suatu sistem rantai berisi 250,000,000 nucleotide yang membawa 4,220 gen dan setiap dari bagian gen ini berinteraksi antara satu dan lain secara tiga dimensi (tidak berinteraksi hanya memanjang saja sesuai arah rantai), hubungan yang rumit, it s so complicated lebih rumit dari status anda.
Dipercaya saat ini bahwa merubah susunan atau merubah lipatan dari DNA ini sehingga sentuhan atau interaksi berubah maka bisa berarti hidup dan mati (bisa berarti penyakit yang serius seperti kanker atau bagian tubuh lain).
Semua jumlah gen yang berkisar 22,000 gen ini disimpan hanya oleh 2 meter DNA yang dilipat dan digulung dengan rapi dan super cerdas secara aman bagi DNA dan interaksinya antara sekitar 37 triliun sel tubuh (37 diikuti 0 sebanyak 12 buah).
Seperti apa DNA disusun dan disimpan rapih cerdas tersebut? Seperti origami yang anda kadang mainkan agar kertas cantik dan rapi. Universitas Oxford membuat gambaran bagaimana DNA disimpan secara sederhana.
Jika anda tertarik mempelajari dan berbagi ide terkait hal ini maka dapat memenuhi undangan Royal Society seperti yang disebutkan oleh video dibawah, sangat menarik karena model kartun menggunakan kerudung.
Kerumitan DNA ini perlu penyederhanaan dan perlu perangkat yang dapat menelusuri seperti apa DNA dan bagaimana mengurut susunannya.
Stephen Taylor dan Jim Hughes dari Centre for Computational Biology di MRC WIMM bekerja sama dengan ahli grafis.
Ahli grafis ini berasal dari computer graphics and human-machine interaction dari University of London.
Tim ini bersama-sama membuat CSynth. CSynth adalah perangkat interaksi yang bisa membuat visualisasi DNA secara 3D dengan menggabungkan keilmuan terkait DNA, kehandalan computational model dan digabungkan dengan Virtual Reality.
Jika anda tertarik untuk mengoreksi dan membuat perangkat ini jauh lebih canggih maka anda bisa mempelajari paper dari para ahli ini yang baru saja dibagikan untuk anda telaah dan berada di situs BIORXIV.
Abstract
The 3D structure of chromatin in the nucleus is important for gene expression and regulation. Chromosomal conformation capture techniques, such as Hi-C, generate large amounts of data showing interaction points on the genome but these are hard to interpret using standard tools. We have developed CSynth, a high performance 3D genome browser and real time chromatin restraint-based modeller to visualise dynamic and interactive models of chromatin capture data. CSynth does its calculations in the GPU hence is much faster than existing modelling software to infer and visualise the chromatin structure which also allow real-time interaction with the modelling parameters. It also allows straightforward comparison of interaction data and the results of third party 3D modelling outputs. In addition we include an option to view and manipulate these complicated structures using Virtual Reality (VR) allowing scientists to immerse themselves in the models for further understanding.